El genoma del NiV tiene 12 nucleótidos más que el genoma del virus Hendra (HeV)y ambos genomas tienen un tamaño de las secuencias "leader" y "trailer" idénticas.
Según los resultados del estudio existe la necesidad de crear un nuevo género dentro de la subfamilia de los Paramyxovirinae que incluya las semejanzas entre el NiV y el HeV y sus diferencias significativas con otros miembros de esta subfamilia.
Y. P. Chan, K. B. Chua, C. L. Koh, M. E. Lim and S. K. Lam. Complete nucleotide sequences of Nipah virus isolates from Malaysia. Journal of General Virology (2001), 82, 2151-2155.